Das Kloster wurde 1228 von Herzog Leopold VI. (1198-1230) gegr�ndet und der hlg. Maria geweiht. Nach der nahegelegenen mit Sicherheit damals schon 100 Jahre alten Nikolaikapelle, die aber nicht zum Kloster geh�rte, sondern das Gotteshaus der kleinen Nikolaivorstadt war, wurde das Kloster anfangs "Sankt Maria bei St. Niklas vor dem Stubentor" genannt.
Es wurde von �btissinnen geleitet, aus deren Reihe Menegardis, die von 1276 bis 1282 ihr Amt aus�bte, als erste namentlich bekannt ist. Die Institution wurde durch Schenkungen bald so verm�gend, dass in der Stadt ein Filialkloster samt Kirche im heutigen Bereich Singerstra�e 13-15 und Gr�nangergasse 10-12 erbaut werden konnte.
W�hrend der Belagerung Wiens durch Rudolf von Habsburg im Jahre 1276 wurde die Anlage schwer besch�digt, aber bereits im darauf folgenden Jahr erweitert wieder aufgebaut. Ab 1440 wurde das Kloster in die Befestigung der Vorstadt einbezogen und mit dem Niklasturm verbunden, wie unser Bild zeigt.
Albrecht VI. (1418-1463) quartierte sich im Nikolaikloster vor seinem missgl�ckten Angriff auf Wien, an den eine Gedenktafel in der Wei�kirchnerstra�e erinnert, ein.
Am 23. Mai 1485 wurde hier der Kapitulationsvertrag zwischen Wien und dem ungarischen K�nig Matthias Corvinus (1443-1490) unterzeichnet, worauf dieser am 1. Juni von hier aus in Wien einzog.
Zu Beginn der 1. T�rkenbelagerung 1529 lie� Niklas Graf Salm (die nahe gelegene Salmgasse ist nicht nach diesem benannt) das Kloster zur Verteidigung mit einer Holzpalisade umgeben; von hier aus griff am 23. September Graf Hardegg mit 400 Reitern die in St. Marx lagernde Vorhut der T�rken an. Als dann aber deren Hauptheer erschien, wurde das Kloster abgebrannt, und die Nonnen in der Stadt in Sicherheit gebracht.